20世纪90年代末，著名历史学家章开沅先生曾指出1994年版《张謇全集》的不足。1994年《张謇全集》出版以来，陆续在档案、报刊、私人收藏者处发现了一批张謇撰写的书信、文章、电报、碑铭、演讲稿等。据初步估算，这些资料至少有数十万字，且其中不少资料极具珍贵的史料价值。2003年4月，纪念张謇150周年诞辰高级论坛在扬州举行，期间，等专家呼吁重新编辑出版《张謇全集》，并认为重编《张謇全集》已经具备条件。当时参加高级论坛的张绪武先生积极支持专家的动议，并为此召开了征求意见座谈会。
2004年8月2日，市委宣传文化领导小组召开第七次会议，听取张謇研究中心李明勋、尤世玮关于新编《张謇全集》的组织机构、职责分工和编辑工作初步方案的汇报，会议原则上通过方案，并成立以黄利金、张绪武为组长，张小平、季金虎为副组长，章开沅、茅家琦、李明勋、周新国、王玉璞、陈俊、程晓强为成员的新编《张謇全集》领导小组。成立以季金虎为主任，徐仁祥、黄振平、尤世玮、钱志平为副主任的新编《张謇全集》编委会。
新编《张謇全集》工作启动，参编单位有张謇研究中心、南通市档案局、南通博物苑、南通大学张謇研究所、南通市图书馆、中华爱国工程联合会张謇专项基金管理委员会等单位。2007年成立新编《张謇全集》项目组，向国家清史编纂委员会申请，将新编《张謇全集》列入国家清史工程文献整理项目，经国家清史编纂委员会专家论证，准予列入《文献丛刊》项目。
新版《张謇全集》由李明勋、尤世玮主编，2012年12月由上海辞书出版社出版。全集共分八册，约605万字。每册内容如下：
第一册为奏疏、公牍。主要收录了清未张謇个人或在为幕期间，代幕主所书折稿以及代两江总督、江苏巡抚和通州府等所书的奏折；为地方公益活动而写的呈文；清末民初任翰林院修撰。商部顾问官、省议会议长、盐政总理、实业总长、农商总长、水利局总裁、治淮总办、中央教育会长、商会会长、吴淞商埠督办时所写的上下行公文等。
第二、三册函电。内容分公电、私电，以及《家书》《垦牧手牒》《教育手牒》等。
第四册为论说。主要收录了张謇有关对清未宪政、治军、南北调和、地方自治、兴办实业、以及治淮、治黄、治江、兴修水利以及振兴盐政等方面的文论。
第五册为章程、规约、告启、说略、帐略。主要收录了张謇创办经营各类实业活动时所制订的章程、规约；所发的告示；所写的说略、帐略等。透过这些，我们可以清楚地了解张謇创办的企事业的经营理念、经营状况、企业的兴衰，对研究张謇、大生纱厂、垦牧等，具有很高的史料价值。
第六册为艺文杂著，主要收录了张謇生前所写的序、跋；为人所书的传、志、铭、赞，联幛；个人参加科举考试的场作等等。
第七册为张謇平日所写诗、词以及相关著作。其中诗词不下一千多首，编辑者对所有诗文时间作了必要的考证，对以往的注释错误作了校订。这对研究张謇的思想来说，具有很大的帮助。
第八册为日记、年谱。张謇日记起始同治十二年（1873）九月，止于民国十五年（1926年）六月，横跨清代同光宣三朝和民国，时间长达五十余年。
张謇是近代中国具有重大影响的历史人物，他经历了中国近代社会剧烈变革的时期，他的著述重现了这一时期的改革精神。张謇遗存的文献资料极为丰富，是中华历史文化的珍贵遗产。2012年版《张謇全集》的面世，给中国乃至世界增添了一份宝贵的精神财富。